• 党委办公室、校长办公室、保密办公室、依法治校办公室、稳定安全办公室
• 纪检监察机构；巡察工作领导小组办公室
• 党委组织部、党校、人才办公室
• 党委宣传部、新闻中心
• 党委统战部、乡村振兴办公室
• 党委学生工作部、学生处、武装部
• 党委研究生工作部、研究生院、研究生党委
• 教务部、教学质量监控与评估中心、高等教育研究所、陕西医学教育研究中心（筹）
• 科技处、科技成果转化中心、学报编辑部
• 发展规划与学科建设处、学术委员会办公室
• 党委教师工作部、人力资源部、教师发展中心
• 财务处、内部控制建设工作领导小组办公室
• 资产设备处
• 招标与采购处
• 审计处、审计委员会工作办公室
• 招生与就业工作处
• 交流合作处、港澳台事务办公室、校友总会办公室、教育发展基金会秘书处
• 基建处
• 保卫处
• 离退休工作处、关心下一代工作委员会、离退休党委
• 后勤保障处
• 南校区管理处

• 工会
• 团委
• 机关党委

• 图书馆、档案馆
• 信息化处
• 继续教育学院
• 创新创业中心

• 临床医学部、医院管理与评价中心
• 药学院
• 护理与康复学院
• 医学技术学院
• 公共卫生学院
• 口腔医学院
• 外国语学院、数智人文学院
• 卫生管理学院、智能医学学院、计算机中心
• 基础医学部
• 马克思主义学院
• 体育部、体育部党总支
• 生命科学与工程学院
• 第一临床医学院、全科医学院
• 第二临床医学院

• 基础与转化医学研究所
• 陕西省乡村医学研究院
• 西安未来健康研究院
• 药物研究所
• 全科医学研究所
• 营养健康与慢病管理研究院
• 检验医学研究所

• 陕西省人民医院
• 西安医学院第一附属医院
• 西安医学院第二附属医院
• 西安医学院第三附属医院（原陕西省友谊医院）
• 西安医学院附属宝鸡医院
• 西安医学院附属汉江医院
• 西安医学院附属西安市第九医院
• 西安医学院附属二一五医院
• 西安医学院附属咸阳市中心医院
• 西安医学院附属汉中市中心医院
• 西安医学院附属三二〇一医院
• 西安医学院附属商洛市中心医院
• 西安医学院附属安康市中心医院
• 西安医学院西安高新医院
• 西安医学院宝鸡高新医院